O STF também considerou inconstitucional, para esse período, a regra de sub-rogação, que obrigava as empresas adquirentes a reter e recolher a contribuição. A partir de 1º de janeiro de 2018, com a entrada em vigor da lei 13.606 de 2018 , tanto a cobrança sobre a receita bruta quanto o mecanismo de sub-rogação passaram a ser considerados constitucionais.

A legislação passou a facultar ao produtor rural empregador a escolha anual da base de cálculo para o recolhimento das contribuições previdenciárias patronais: sobre a receita bruta da comercialização ou sobre a folha de pagamento.

O resultado seguiu a tese do voto médio apresentado pelo ministro Dias Toffoli , que divergiu do relator, ministro Gilmar Mendes . O decano do STF defendia a constitucionalidade integral da cobrança.

Os ministros que votaram em momentos anteriores – Edson Fachin , Rosa Weber , Ricardo Lewandowski , Celso de Mello e Marco Aurélio – se posicionaram pela inconstitucionalidade integral do tributo sob a vigência da legislação antiga (lei 10.256 de 2001 ). Contudo, a lei 13.606 de 2018 instituiu um novo marco legal ao conceder a opção de recolhimento sobre a folha de pagamento ou sobre a receita bruta.

Toffoli, por sua vez, entendeu que a inconstitucionalidade da legislação antiga deveria se restringir ao período em que ela vigorou isoladamente, até 31 de dezembro de 2017. Como os 5 ministros anteriores votaram por anular a cobrança sem limite de tempo , seus votos se somaram ao de Toffoli nesse ponto. Assim, formou-se a maioria de 6 votos pela inconstitucionalidade da contribuição incidente sobre a receita bruta e da regra de sub-rogação, restrita ao período anterior a 2018.

Toffoli propôs modular os efeitos da decisão para restringir pedidos retroativos de restituição, mas ficou vencido nesse ponto. A maioria decidiu não modular os efeitos neste julgamento.

Segundo o ministro Alexandre de Moraes, a questão poderá ser reexaminada em eventuais embargos. Como 4 dos ministros que votaram pela inconstitucionalidade da cobrança no período anterior a 2018 já se aposentaram, os recursos deverão ser analisados por seus sucessores, tanto em relação à modulação dos efeitos quanto ao mérito da decisão.